«А ви, що безпосередньо працюєте над вихованням молоді дбайте не менше над просвідченням її розуму, як над ублагородненням її сердець. Подавайте молоді таку освіту, яка навчила б її не тільки теорії, але й практики. Учіть її як має жити!
Збуджуйте в неї бажання й охоту до того, що є підставою багатства і сили народу. Виробляйте в молоді самостійність та індивідуальність!
Учіть її більше числити на себе, ніж на других!
Учіть не оглядатися на поміч уряду і краю, а власною ініціативою дороблятися самостійного життя!
Виробляйте в молоді почуття правости та сумлінної праці!»
+ Андрей Шептицький
Митрополит

У 1991 в умовах проголошення незалежності України та великого національного і духовного відродження у Львові за ініціативою греко-католицької інтелігенції та підтримки обласного й міського управлінь освіти відкривається Греко-католицький ліцей ім. Климентія Шептицького.

Це була перша в Україні школа, де в основу виховної системи були покладені християнські цінності. Благословення на діяльність було отримано від Блаженнішого Мирослава-Івана Кардинала Любачівського, глави Української Греко-Католицької Церкви.

23 вересня 1991 року в приміщенні театру ім. М. Заньковецької відбулося урочисте відкриття Греко-католицького ліцею за участю і з благословення владики Володимира Стернюка. 

Отці Студити взяли на себе провід та духовну опіку, віддавши покровительство над ліцеєм блаж. отцю Климентію. Першим директором ліцею стала Марія Кобилецька (1991-1998), а першим місцем розташування ліцею була будівля на пл. Данила Галицького, 4.

На тлі інших загальоосвітніх шкіл, які в перші роки Української Держави робили колосальні зусилля, аби відійти від радянських освітніх стереотипів, статус приватної школи давав їй можливість наповнювати державні програми християнським змістом.

Прийняття Конституції України у 1996 році та доповнення до у України «Про освіту» зумовили необхідність зміни статусу Ліцею – Український греко-католицький ліцей було перереєстровано на Приватний ліцей імені Климентія Шептицького, як навчальний заклад, що виконує державний освітній стандарт, а також надає можливість поглибленого вивчення дисциплін гуманітарного спрямування.

Очільником ліцею було призначено Ігоря Ожиївського. У березні 1998 року було проведено реорганізацію; директором Ліцею призначено Зоряну Шеремету (1998-2006).

До Ліцею приймались діти в 9-11 класи на основі конкурсного відбору, було запроваджено семестрове навчання, лекційно-практичну форму проведення занять. Вивчення богословських дисциплін та цілий ряд виховних заходів, котрі вже тоді на фоні українського шкільництва вирізняли заклад його якісним підходом та ентузіазмом його працівників, а саме їх особистий приклад та свідчення віри дозволяли усім разом формувати учнів і самим духовно збагачуватись, розвиваючись як індивідуальності та персони, що несуть у собі утверджений християнський світогляд та скарбницю знань на благо собі та батьківщині.

Між Церквою та Ліцеєм було укладено угоду про співпрацю.

Уже від перших днів відновлення державності нашої Батьківщини були люди, котрі розуміли важливість освіти й виховання нового покоління, яке дозрівало, щоб стати повноцінними громадянами справді Незалежної України. Люди, які горіли такою ідеєю, - це були вчителі, представники влади і, не в останню чергу, учні, які чисельно вступали до Ліцею імені священномученика Климентія Шептицького, сьогодні "Школи-гімназії Шептицьких".
+ Любомир Кардинал Гузар
Глава і Отець УГКЦ

Виховання християнської еліти, духовне вдосконалення – завдання, які поставив перед працівниками та учнями Ліцею Блаженніший Любомир Кардинал Гузар. Глава УГКЦ часто здійснював візитації, цікавився навчальним закладом і спрямовував його діяльність.

Ліцей мав багато труднощів з приміщенням та фінансами. За кілька років, через відсутність власного постійного приміщення, закладу довелось поміняти три адреси: пл. Данила Галицького, 4; вул. Ковжуна, 6; вул. Клепарівська, 37. У вересні 1998 року Ліцей одержав у довготривалу оренду будинок колишнього дошкільного навчального закладу на вул. Гната Хоткевича.

У 2006 році Архиєпископ Львівський Ігор (Возьняк) передав опіку над ліцеєм монашому Згромадженню отців Салезіян Української Греко-Католицької Церкви, місією яких є виховання молоді.

Очолив ліцей як директор о. Петро Майба, салезіянин УГКЦ. З 2006 року почався період салезіянської виховної присутності та проводу, які забезпечує по сьогодні спільнота салезіян на постійній основі. Виховна концепція згромадження базується на світовому досвіді католицького шкільництва та на салезіянському стилю роботи, який відомий як «Запобіжна система виховання св. Івана Боско».

Згромадження Салезіян є поширене по цілому світі, а саме у 130 країнах, де втілює в життя свою місію виховання дітей та молоді, яка реалізується зокрема через школи.

7 серпня 2007 року на підставі державної реєстрації змінили найменування, до статуту Приватного ліцею Блаженного Климентія Шептицького були внесені доповнення, згідно з якими ліцею присвоєна нова назва: Приватний заклад «Гімназія Блаженного Климентія Шептицького», що дозволило приймати на навчання учнів, починаючи з 5 класу, заради покращення впливу на дітей навчально-виховного процесу, який пропонує Гімназія.

8 вересня 2014 року було змінено форму власності навчального закладу з приватної на комунальну: власником та засновником Гімназії стала громада міста Львова, а управління нею здійснює Згромадження Салезіян УГКЦ відповідно до умов договору про співпрацю та партнерство між згромадженням та управлінням освіти Львівської міськради.

З нагоди вшанування 150-ліття з дня народження митрополита Андрея Шептицького на державному рівні було змінено назву закладу Навчально-виховний комплекс «Школа-гімназія І—III ступенів імені Блаженного Климентія та Андрея Шептицьких».

Наша історія пишеться і сьогодні всіма тими, хто навчається та працює для виховання майбутнього нашої Батьківщини та Церкви.